Khi lên men, nhiệt độ trong hỗn hợp cơm rượu tăng lên, làm cho vi khuẩn men sinh ra và hoạt động mạnh hơn. Nếu để nhiệt độ lên quá cao hoặc quá lâu, vi khuẩn men có thể gây ra một số vấn đề sức khỏe và ảnh hưởng đến chất lượng của sản phẩm. Do đó, ta nên giảm nhiệt độ lên men để giảm thiểu sự phát triển của vi khuẩn và đảm bảo an toàn thực phẩm. Ngăn cách cơm rượu tiếp xúc với không khí cũng giúp giảm thiểu nguy cơ ôxi hóa và bảo vệ hỗn hợp cơm rượu khỏi bị nhiễm phải các vi khuẩn có hại.