Ngày 28-8-1896, Bô-ni-pha-xi-ô phát lệnh khởi nghĩa với khẩu hiệu “Chiến thắng hay là chết!”, được nhân dân hưởng ứng nhiệt liệt. Phong trào kháng chiến chống thực dân lan rộng toàn quần đảo. Tại nhiều vùng giải phóng, chính quyền nhân dân do KATIPUNAN lãnh đạo đã được thiết lập, tiến hành chia ruộng đất cho nông dân, tiến tới thành lập nền cộng hòa. Sau đó, Bô-ni-pha-xi-ô bị sát hại, KATIPUNAN tan rã (1897).
Vào lúc này, đế quốc Mĩ đang tìm cách bành trướng sang bờ Tây Thái Bình Dương nên đã không bỏ lỡ cơ hội. Tháng 4-1898, Mĩ gây chiến với Tây Ban Nha dưới danh nghĩa ủng hộ cuộc đấu tranh chống thực dân của nhân dân Phi-líp-pin. Tháng 6-1898, Mĩ dựng A-ghi-nan-đô lên làm Tổng thống nước Cộng hòa Phi-líp-pin. Sau khi Tây Ban Nha thua trận, quân Mĩ đổ bộ chiếm Ma-ni-la và nhiều nơi trên quần đảo. Nghĩa quân Phi-líp-pin chuyển sang đấu tranh chống Mĩ xâm lược. Cuộc kháng chiến của nhân dân Phi-líp-pin chống Mĩ diễn ra trong tình trạng không cân sức, kéo dài đến năm 1902 thì bị dập tắt. Từ đây, Phi-líp-pin trở thành thuộc địa của Mĩ.
Cuộc khởi nghĩa năm 1896 ở Phi-lip-pin được coi là cuộc cách mạng mang tính chất tư sản, chống đế quốc đầu tiên ở Đông Nam Á, đánh dấu sự thức tỉnh của nhân dân Phi-líp-pin trong cuộc đấu tranh giành độc lập cho Tổ quốc.