Để tìm số tự nhiên có 3 chữ số và 3 chữ số đó khác nhau, ta có thể thực hiện các bước sau:

1. Chọn chữ số hàng trăm: Có 9 cách chọn (từ 1 đến 9, vì không thể chọn số 0 làm chữ số hàng trăm).

2. Chọn chữ số hàng chục: Có 9 cách chọn (có thể chọn bất kỳ số từ 0 đến 9, trừ chữ số hàng trăm đã chọn).

3. Chọn chữ số hàng đơn vị: Có 8 cách chọn (có thể chọn bất kỳ số từ 0 đến 9, trừ chữ số hàng trăm và hàng chục đã chọn).

Vậy số tự nhiên có 3 chữ số và 3 chữ số đó khác nhau là 9 x 9 x 8 = 648.